從制藥純化水系統功能角度來看，制藥純化水的組成部分包括制備單元和儲存及分配單元。制藥純化水的制備單元由預處理系統以及純化水機組成，其功能在于連續、穩定地將原水“凈化”使出水水質能夠符合企業內控指標或者藥典要求。而儲存及分配系統由儲存單元、分配單元和用點水管網單元組成，其主要功能是在一定的壓力、流量和溫度下，將制藥用純化水輸送到所需的工藝崗位，并維持水質始終符合藥典要求。

　　值得注意的是，制藥純化水系統的本質就減少或者消滅潛在的污染源。而制藥用純化水既可以作為原料又可以作為清洗用水，且極其容易滋生微生物，故微生物指標是制藥行業重要的指標之一。基于對風險的控制，在制藥用純化水系統的設計、安裝、驗證、運行和維護過程中需要采取有效的措施抑制系統內微生物的滋生。除此之外，由于制藥用純化水與產品直接接觸，直接影響到產品的質量，各國藥典將制藥用純化水系統視為制藥生產中的關鍵系統并實行嚴格質量控制，同時對純化水的質量標準和用途也提出了明確的要求。