雖然實驗室超純水機安裝與操作較為簡單，但有些技術流程步驟不可忽視，操作不當將直接影響產水質量甚至會影響實驗結果。

設備安裝

實驗室超純水機應安裝在防水臺面或特制的車架上，遠離有源儀器設備。在不與RO純水機組合使用的情況下，供水容器要高于純水機組合使用的情況下，供水容器要高于純水機10-20cm，采用無毒硬質，避免過多的中間接口以防止水污染或污垢積聚，供水容器要洗刷干凈并用蒸餾水或RO水涮洗處理，出水口處下方需放置積水盤。

電源連接

直接將主機電源線插到墻壁電源插座，但必須保證電源確有底線，如果未接地線應將主機另行接地；使用接線板為防水插座或置接線板遠離可能濺到水的區域。

裝載或更換純水柱

在斷電或電源開關關閉狀態下完成裝載或更換純水柱，事先核對純水柱的規格型號是否與本機性能要求相符，檢查純水柱接口端的密封膠圈有否脫落并置于是當的對接位置。

操作注意事項

必須保證裝入源水容器內是雙蒸水或RO水，電導率<10μS/CM@25℃或低水溫在5-35℃之間；且不要把轉運容器中的水底倒入源水容器，以免殘留在水桶或其他容器底部的顆粒或絮狀物進入純水柱導致柱效降低。

實驗室超純水機運行

開機后儀器會運行除氣泡程序，耗時約為5min，約需15L水。如果配置了UF組件儀器則隨之進入清洗程序，約需60min之后，在預操作轉態下過夜或至少維持數小時，儀器自循環清洗純化柱。次日，進入超純水機操作轉臺，產水10-15L后置預操作狀態待用。